История началась около четырех лет назад, когда несколько екатеринбургских строительных компаний обратились в Следственный комитет с заявлением о возможных злоупотреблениях Зубенко. Застройщики жаловались на систематические задержки в оформлении договоров аренды и продажи земельных участков, что, по их словам, наносило им убытки и срывало планы по реализации жилых проектов. Тогда он попал под служебную проверку и был отстранен от должности. Причиной проверки называли недостаточный контроль над рабочими процессами в ведомстве. В апреле 2025 года Зубенко задержали в Екатеринбурге по обвинению в получении взятки в особо крупном размере. Сообщалось, что речь шла о 150 миллионах рублей. Эти деньги он якобы получил за переоформление на подставное лицо земельного участка стоимостью около 700 миллионов рублей. Некоторое время Зубенко находился под стражей, но позже суд изменил ему меру пресечения на домашний арест.